Jake en Kady's ouders, beiden toonaangevend archeoloog, zijn spoorloos verdwenen in Yucatan, Mexico. Daar verrichtten zij onderzoek naar de oude Maya-beschaving. Nooit heeft iemand meer iets van hen gehoord, totdat Jake en Kady een mysterieuze envelop ontvangen. In de envelop zitten de notitieboekjes van hun ouders en een in twee stukken gebroken Maya-munt.

Niet lang daarna ontvangen zij een uitnodiging voor de opening van een Maya-tentoonstelling in het Museum voor Volkenkunde. Daar gebeurt het: door een magisch 'stom toeval' belanden zij in een prehistorische jungle. Maya's voeren er strijd tegen de Schedelkoning, die kwade bedoelingen heeft en zich alleen gehuld in schaduwen vertoont.

Jake en Kady ontdekken aanwijzingen rond de verdwijning van hun ouders. Wat betekent het horloge van hun vader dat in plaats van vooruit achteruit loopt? Leven hun ouders nog? Hoe komen ze terug in hun eigen tijd? Maar vooral: waarom achtervolgt de Schedelkoning Jake en Kady?